马仲杰阵亡后，马仲英亲往前线，率部猛攻奇台。.13800100. 138看书网网而此时，四面楚歌的迪化爆发了“四一二政变”，政变导致了金树仁下台，刘文龙为临时政府主席，盛世才被推选为新疆督办。盛世才被推选为督办后，首先他派人与马全禄的部下马德祥勾结，用高官厚禄相利诱，唆使马德祥杀死马全禄，进而收编马全禄余部2000多人，从而消除了威胁迪化的一大威胁。然后盛世才又利用马仲英和和加尼牙孜因为分配战利品而发生的分歧和矛盾，以划分南疆给和加尼牙孜为代价，诱使和加尼牙孜与马仲英脱离关系，从而瓦解和马联盟，马仲英也从此失去了当地部分少数民族头目的支持，这成为后来马仲英无法在南疆立足的重要原因。
盛世才闻知奇台失守消息后，一面派人与马仲英和谈，一面调兵遣将向阜康进发，而马仲英识破了盛世才以和备战的伎俩，于是将计就计，一面派人与盛方代表周旋，一面调动主力到紫泥泉布防，6月12日双方在紫泥泉展开激战。是夜风雨交加，气温骤降，马仲英部衣着单薄，难御严寒，攻势锐减。次日精力充沛的盛军开始反攻，士气低落的马仲英所部溃败后撤，一路退至鄯善、吐鲁番一带。迫于内外压力，盛世才施展手腕，假意与马仲英和谈，这和兵困马乏的马仲英不谋而合。双方代表先后在吐鲁番和迪化多次会晤。盛世才提出任命马仲英为东疆警备总司令，指定哈密为其防区，而马仲英却提出南北疆分治，马占南疆，盛占北疆。双方分歧很大，和谈一度陷于僵局。
1933年9月盛世才召开军事会议，决定对马宣战，并突然在宴席中拘捕马仲英派去和谈代表，战火已经不可避免。马仲英在吐鲁番得知消息，怒不可遏，随即号召手下官兵，准备与盛世才决一死战。马仲英十分清楚经过紫泥泉大战后，单凭自己的力量无法战胜盛世才，于是他有计划地与同样和盛世才有矛盾的张培元合作。双方商定夹击迪化，推翻盛世才。
此时的马仲英占据新疆广大地盘，从哈密经鄯善、吐鲁番直到焉耆，另外马赫英的势力从镇西向北沿外蒙国境直达阿山南部，而马世明的势力则越过达坂城渗透到了柴窝堡。盛世才的防守地区也只是东到奇台、西达塔城而已。1933年10月9日，马仲英在吐鲁番举行阅兵视事大会，宣布要消灭盛世才，而盛世才不甘示弱，第二天在迪化通电全国讨伐马仲英。
10月已经占据阿山的马仲英命令得力部下马赫英大举南下围攻塔城，就此第二次盛马大战开始。东线马仲英得到盛世才大军来犯的报告，命令驻扎达坂城的部队迅速占领附近高地固守，同时他亲自率领步兵一个旅，会同驻扎托克逊的马彦良骑兵一团抵达达坂城，凭借高地实施防御战。15日清晨，盛世才使用东北义勇军做先锋，猛烈攻击山湾的马军山头阵地。马军居高临下，枪炮齐发，打得进攻省军伤亡惨重，被迫撤回。而在塔城，进攻新城的马赫英却被随后赶来的刘斌部击溃。随即解除了塔城之围。
经过半月交战，盛世才深感军力之不足，为了达到自己独霸新疆的野心，他一方面在军事上竭力阻挡马仲英的凌厉进攻，另一方面又开始施展政治手腕，希望获得苏联的军事支持。1933年12月，盛世才在迪化与苏联代表波哥丁签署了秘密协定。此时正值马仲英围攻孚远，塔城附近的马赫英虽然被迫解除了对塔城的围攻，但其人马基本未受损失，此时再次与马仲英的军事行动遥相呼应，派遣李福兴率主力偷袭绥来，迫使盛世才不得不撤回迪化，再次命令刘斌从塔城进攻李福兴，李福兴本人也被生擒斩首，马赫英带残部逃向绥来，在呼图壁西南石梯子被刘斌部悉数歼灭。马赫英之死，是马仲英的战略上失败的第一步，盛世才解决了马赫英，已经牢牢控制了北疆。
同时刘斌的部队开始从塔城向伊犁步步紧逼，试图逼迫张培元就范。张培元随即发表告新疆全体民众书，宣称要与马仲英合作，在新疆南北实行分治，并彻底消灭盛世才。1933年12月27日，张培元在伊犁发表通电，自封为北疆总司令，表示与南疆总司令马仲英联合讨盛。1934年1月1日，张培元部攻陷塔城，缴获了苏联运送给盛世才的大批枪械，并击毙了盛世才派到塔城负责守备的原迪化警备司令邢占元。随后张培元主力杨正中旅开始向迪化方向攻击前进。盛世才委任刚歼灭马赫英部的刘斌为伊犁总司令，指挥归化军东北义勇军从绥来向乌苏进发迎击张培元。
10月11日，盛马双方在达坂城交火，盛军大败，死伤惨重。此时伊犁张培元也挥兵东进，准备与马仲英东西夹击，打垮盛世才。盛世才感到形势对自己十分不利，急请苏联出兵支援，经过精心准备的苏联红军于1933年12月和次年1月分别从霍尔果斯进入伊犁，从苇塘子进入塔城，拔除了张培元的大本营。在苏军入疆参战的鼓舞下，刘斌部在呼图壁三道河子相遇杨正中旅，杨旅军心涣散，大部分官兵不战而降。杨正中只得带残部退守精河。而张培元在伊犁遭到苏军釜底抽薪雷霆一击，顷刻瓦解，张培元见大敌东西夹击，大势已去，情急中准备从伊宁翻越天山逃亡阿克苏。途中开枪自杀。
在马仲英围攻同迪化期间，盛世才亲任迪化城防总司令，指挥作战。1934年1月12日晚，省军防守部队与马仲英主力在迪化郊区芨芨槽子激战竟夜。省军不支退守城区，至此，马军已经将迪化围得如铁桶一般。马军骑兵势不可挡，潮水一般猛攻南梁，省军则顽强阻击，双方各不相让，打的难解难分，伤亡都很惨重，形成了对峙局面。1月18日，苏联红军从塔城派出飞机前来援助盛世才，这些飞机使用重型炸弹不间断轰炸马军阵地。苏军的轰炸收效极大，给马军造成很大伤亡。1月19日凌晨，马仲英集中优势兵力，利用苏军飞机未到的时间，突然对南梁发起猛攻，迅速夺取大片阵地。守军在前来增援来的归化军援助下又抢回了丢失的阵地。一天恶战后，马军伤亡高达千人，再无气力对迪化发起大规模进攻了。
而此时一战消灭了张培元的苏联红军，回身开始东进。苏联红军号称阿山军，兵力大约一个师，全部是摩托化步兵。不过在头屯河一战，苏军被马仲英迎头痛击，损失惨重。苏军痛定思痛，连忙调派机械化部队从塔城入境增援。防卫迪化的盛世才指挥城内省军从城内配合苏军也发起进攻，在双方夹击下，马军迅速收缩，于傍晚全部撤退到芨芨槽子。由于天色将黑，天降大雾，能见度很低，省军和苏军并未追击败退的马军，致使马仲英能够从容撤走。至此，迪化被马军围攻32天之久的第二次迪化攻防战结束，这一天也是农历新年除夕，饱经战乱的迪化百姓过了一个喜庆的新年。
马仲英撤军，并没有直接返回吐鲁番，而是把主力留在达坂城，马仲英希望能够再次利用达坂城的地形优势，挫败盛世才的军事进攻，从而避免失败的命运。此次会战马仲英使用的战术和上次痛击盛世才一模一样，全军登山，依险挖掘工事据守。但是这次马仲英面对的不再是缺枪少弹的盛世才，而是装备精良、训练有素的苏军正规部队。装备精良的苏军成功使用了地空协同作战战术，首先使用重炮轰击马军阵地，同时飞机不停盘旋扫射轰炸，然后步兵发起连续冲锋。激战到第二天中午，马军在大炮和飞机的猛烈轰炸扫射下，死伤过半，士气大为低落，大部分占据的山峰和主要据点，均被苏军和省军攻占。马仲英只好下令撤退，经托克逊一路败逃，向南疆窜去。随之，马仲英的势力被彻底赶出了北疆。
正当马仲英与盛世才在北疆拼杀之时，1933年11月12日，以沙比提大毛拉一手组织的所谓东突厥斯坦独立会在喀什疏勒县城召开，通过了东突厥斯坦伊斯兰共和国的组织纲领、各部厅实施法案、施政纲领和宪法。会上选举了政府成员，制定了国旗、国徽。11月13日上午，他们在喀什市升起了所谓国旗，又召开了所谓民众大会和悬旗典礼。宣布东突厥斯坦伊斯兰共和国正式成立。这是一个封建神权与君权相结合，由一批地主、资本家、反动的宗教上层主政的分裂主义政府。
马占仓是马仲英在喀什的代表，他与喀什原行政长官马绍武合作，得到了兵源和武器补充，他们与分裂武装几次交战，被分裂武装围困在疏勒城长达11个月。早在占领吐鲁番后，马仲英就开始筹划扩展自己在南疆势力的计划，还没有与盛世才大规模冲突的时候，马仲英打算先在南疆经营出一块属于自己的势力范围，因此当盛世才扣押张雅韶的时候，马仲英正在焉耆检阅马世明的队伍，在焉耆，马仲英除布置防务外，还令马福元率领6000人马南下，名义上是援助被和加尼牙孜围困在喀什的马占仓，实际上想借机扩展地盘。